Die Planung und Überwachung der Instandhaltung, des Ausbaus sowie der Renaturierung von Fließgewässern ist ein sich dynamisch entwickelnder Geschäftszweig der M&S Umweltprojekt GmbH. Aber auch die Planung und Überwachung der Instandsetzung „stehender“ Gewässer (z. B. die Entschlämmung von Teichen, die Errichtung und Instandsetzung von Mönchbauwerken, die Untergrundabdichtung, die Damm- und Ufergestaltung etc.) gehören zu diesem Komplex. Die richtige Auslegung von Entwässerungssystemen anhand hydraulischer Bemessungen hat nicht zuletzt aufgrund der Häufung von Starkniederschlagsereignissen an Bedeutung gewonnen.
Gleiches gilt für die Auslegung und Planung von Regenrückhaltesystemen und -becken (Hochwasserschutz). Durch geschickte naturnahe Gestaltung können dabei z. B. durch Verwendung natürlicher Baumaterialien, durch die Schaffung von flachen Böschungsbereichen sowie durch die Realisierung eines Dauereinstaus ökologisch wichtige Komponenten preiswert realisiert werden. Die standortangepasste Anwendung von Regenwassernutzungs- und Versickerungsanlagen sowie die gezielte Ausnutzung der natürlichen Feldkapazität (Fähigkeit zur Wasserspeicherung) von Böden kann dabei maßgeblich zur Kosteneinsparung und darüber hinaus zur Verbesserung des ökologischen Gleichgewichts.
